武禪書院所開設的武術課程，目前主要分為基礎班的基本動作、進階班的傳統武術以及合氣柔術。其中基礎班注重於基本動作的訓練，以及簡單的實戰技法練習，包括手打、腳踢、步法、擒拿、對練、兵器等等，整體訓練過程大約為二至四年，為一相當扎實的訓練系統。不論學員是否有接觸過其他的武術訓練基礎，都建議從這個階段開始練習。運動能力較好或是已經有武術基礎的學員自然會較快通過級位審查考試並晉級，較不熟練的同學就需要留在班級裡面反覆練習，直到能夠確實掌握該程度的技法之後再行挑戰晉級。進階班則是專精練習各不同中國傳統武術門派的技巧，例如：鶴拳、龍拳、虎拳、猴拳、太極、合氣柔術、木人樁法、兵器套路等等。進階班的每一課程進度皆不固定，全看課堂教練以及學生之間授課以及練習的狀況而調整進度。合氣柔術為高階的綜合訓練課程，包含拳打、腳踢、擒拿、摔跌等等元素，以及各種不同傳統武術門派的實戰技巧，全部都會在這個階段予以整合、貫通並付諸實用，是所有技擊技巧裡最高段的訓練。

       此外，與武術課程搭配的是明確的段級審查制度。中華武禪教育協會的武術段級審查，主要分為級位審查與段位審查兩類。級位審查是初級的基本動作審查，可以由各訓練中心自行舉辦並且授證；段位審查是正式、嚴謹並且需統一由協會舉辦之審查，並會授與通過審查者經過國家認證並可獲得國際承認的的段位證書。級位審查由個別訓練中心的教練組成審查團，或可聘請館外之教練加入；段位審查則必須統一由協會所屬之段級審查委員會指派。 

       氣功課程是武禪書院的另一項教學重點。依照不同層次的課程，我們的氣功班分為初級班、中級班與高級班。初級班所進行的是導氣、練氣、養氣的練習，讓我們習慣去感受體內氣與能量的流動。中級班的課程強調在調整體內的氣血循環，而高級班除了更進階的功法以外，還必須研讀許多理論，以求身體實踐與思想理解上的調和。進入到研究班的階段之後，練習者必須將氣功與武術融匯整合，讓簡單的一個動作可以同時具有武術的技擊意涵與氣功的身心和諧，是為習武與練氣的最高層次。